由于本征的病因及临床表现因个体不同而存在较在差异，故治疗时应遵守个体化原则，针对患者病情，制定出灵活的治疗方案。现将临床常用的治疗方法介绍如下：
(一)心理治疗：主要是通过帮助患者找出引起本征的精神因素，对患者存在的心理矛盾和情绪紊乱进行疏导，从而达到治疗的目的。医生应以同情和负责和态度向患者解释其疾病的本质和预后，使患者消除不必要的恐惧、疑虑，树立战胜疾病的信心。从一定意义上讲，应用心理疗法治疗本征比药物治疗更为重要，尤其是对有严重精神症状的本征患者，更应进行系统的心理治疗。Guthrie通过对102例本征患者心理治疗的研究发现，心理治疗在消除腹泻和腹痛方面有显著疗效。THomson则认为，即使药物治疗效果不甚理想，心理治疗也能取得较好的疗效。有人采取催眠疗法治疗本征取得一定疗效。如Whorwell等用催眠疗法成功治疗50例病情严重的本征患者，随访18个月，其中48例完全缓解。Prior等观察到催眠期间直肠敏感性显著下降，症状也随之消失。
(二)饮食调节：一般以易消化、低脂、适量蛋白质食物为主，多吃新鲜蔬菜水果，避免过冷、过热、高脂、高蛋白及刺激性食物，限制某种或向种不耐受的饮食。
(三)药物治疗：本征的药物治疗应慎重，避免滥用药物。在部分患者，可能任何药物都无效。
1、对精神紧张、失眠较严重的神经官能症患者可适当治疗予安全2.5mg(每日3次)或5mg每晚口服，亦可选用早眠宁、鲁米那钠等;抑郁症者，适当用些阿米脱林、盐酸丙咪嗪等;并可用调节植物神经功能的谷维素20～50mg，每日3次。
2、以腹痛为主者，除常规使用阿托品、颠茄类外，可用钙通过阻滞剂异搏停或硝苯吡啶10mg舌下含化或口服，每日3次，以减轻腹痛和排便次数。
3、以腹泻为主者，可用抗胆碱能拮抗剂溴化赛米托品(cimetropin bromide)50mg餐前;亦可用易蒙停(imodin)2mg，每日3次，腹泻严重者可适当用小剂量磷酸可待因15mg，每日3次，或选用氯苯哌酰胺。
4、以便秘为主者：大便干硬时可服石蜡油20ml，每日3闪，或服用蓖麻油10～20ml，每日3次，或番泻叶5～10g泡水饮服;亦可用开塞露、甘油栓塞入肛内;对于便秘时间长，但大便不干硬者，可用胃肠动力药吗叮啉(多潘立酮)10mg，每日3次，或西沙必利10mg，每日服3次。
5、IBS患者如为粘液便，可用消炎痛25mg，每日服3次，以抑制前列腺素合成，减少粘液分泌。
6、菌群失调者可用促菌生2.5g，每日服2次，或双岐杆菌乳剂，每次服50ml，或丽珠肠乐，成人口服每次1～2粒，早晚各服1次，儿童酌减，重症加倍。
(四)中医药治疗：
1、脾胃虚弱型：症见餐后即泻，大便时溏时泻，夹有粘液，便次增多，腹痛隐隐，肛门坠胀，脘闷不舒，纳差肢倦，面黄无华，知淡、苔白，脉细弱缓。治以健脾益气、和胃渗湿。方选参苓白术散或七味白术加减。
2、脾肾阳虚型;症见清晨泄泻，便下清稀，完谷不化，便后腹痛不减，腰膝酸软，形寒肢冷，舌淡胖、苔白，脉沉细迟。治以温补脾胃、固涩止泻。方选附子理中汤合四神丸加减。
3、脾胃阴虚型：症见腹痛不甚，便秘难下，粪如羊矢，大便粘液，大便数日一解，少腹结块，聚散无常，按之胀痛，消瘦，饥不欲食，口干喜饮但饮不多，尿频色黄，常伴失眠、焦虑、心悸等，舌红、少苔，脉细数。治以养阴润便。方选麻仁丸、增液汤加减。
4、肝郁气滞型;症见腹痛便秘，欲便不畅，便下艰难，后重窘迫，脘腹胀闷，胁肋胀满、窜痛、矢气可缓，恼怒忧虑易发，�气呃逆，纳差，苔薄，脉弦细。治以顺气行滞，降逆通便。方选六磨汤或柴胡疏肝饮加减。
5、肝脾不和型：常因恼怒或神紧张而发病或加重。症见肠鸣矢气，腹痛即泻、泻下不多、泻后痛缓，伴少腹拘急、胸肋胀满、�气少食、便下粘液等。舌淡红、苔薄白，肪弦细。治以抑肝扶脾、调和气机。方选痛泻要方合四逆散加减。
6、肝脾不和寒热夹杂型：症见久泻，便下粘腻或夹泡沫，或腹泻便秘交作，便前腹痛、腹胀、肠鸣，便后减轻，须臾又作。苔白腻、脉细弦滑。治以泄木安土，平调寒热。方选乌梅丸。
7、瘀阻肠络型：症见泄泻日久，大便粘滞，或干或溏，泻后不尽，腹部刺痛，痛有定处，按之痛甚，面色灰滞。舌质暗红或紫暗，脉弦细涩。治宜化瘀通络，和营止痛。方选少腹逐瘀汤加减。
(五)理疗针炙等：腹部按摩、热敷、超短波等可减轻症状，针炙可取足三里、关元、气海、中脘、三阴交、胃俞、大肠俞。此外，气功疗法对本病亦有较好疗效。
随症用药：腹痛甚者用元胡，或重用白芍(30～60g);痛欲大便者用妙防风、陈皮;痛有定外兼瘀血证者用失笑散。气滞腹胀者选煨木香、陈皮、枳壳、川楝、青皮;腹胀大便不爽者选蚕矢、大腹皮、枳壳、槟榔;虚寒肠鸣腹胀甚者用毕橙茄、小茴香;胸脘痞闷用枳壳。大便粘液多者选白头翁、红藤、败酱草、公英、苍术、胡黄连、土茯苓;五更泄中，肾泄用补骨脂、肉豆蔻，脾泄用白芍、炒防风;一般腹泻用炒白术、神曲，水淀用炒苡仁;虚泻、久泻、滑泻不止者选用煨诃子、煨肉果、五倍子、五味子、肉豆蔻、赤石脂、乌梅、石榴皮、禹余糖，甚者用罂粟壳，但须中病即止。肾阳虚甚者用附子、肉桂、仙灵脾，脾阳虚甚者用炮姜、桂枝便秘一般选用栝楼仁、郁李仁、炎麻仁、槟榔，阳虚但秘者用内苁蓉。久泻伤阴选用沙参、石斛、云苓，或生用白芍、乌梅;气虚甚者用黄芪、党参、白术、炙甘草;肛门下坠气虚下陷者用生黄芪、升麻、柴胡，肛门下坠里急后重者用木香、槟榔;肛门滞重排便不尽者用积实;肠有湿热者用秦皮、黄连、厚朴;纳差、消化不良者用鸡内金、焦山楂、神曲等。
